Столкнулся с такой особенностью: сотрудник был в отпуске за свой счет в январе, но при расчете среднего для отпуска январь не учитывался, хотя долно было отразиться отсутствие начислений. 

Оказалось, что если необходимо учесть в расчете среднего месяц, в котором по-факту не було начислений по некоторому сотруднику, то в документе "Начисление зарплаты организаций"  необходимо по данному сотруднику ввести строку с нулевым начислением за январь. Если такой строки нет, то в расчет среднего январь не попадет